聚肌胞可以用于治疗扁平疣。扁平疣是人乳头瘤病毒感染皮肤所致，聚肌胞是抗病毒药物，主要是外涂或局部注射到皮下，可以刺激局部细胞产生干扰素，杀伤人乳头瘤病毒。人乳头瘤病毒被杀灭以后病毒不能复制，疣体会逐渐缩小和变平，皮肤恢复正常。通过机理可知，聚肌胞用治疗扁平疣并不是直接杀灭病毒，而是通过外用或注射后刺激局部皮肤、各种炎症细胞，包括淋巴细胞和T细胞，产生干扰素杀灭病毒。

临床也可以用全身治疗，即聚肌胞注射，通过全身吸收以后，刺激整个机体产生干扰素，通过血液循环到达扁平疣的部位，杀伤病毒，使得瘤体逐渐缩小。总体而言，聚肌胞治疗扁平有外用、局部注射、肌肉注射三种用法，产生干扰素杀灭人乳头瘤病毒，以达到治疗扁平疣的目的。