胆管细胞癌化疗引起的不良反应包括血液学毒性和非血液学毒性，血液学毒性反应主要是指骨髓抑制和肝肾功能损伤等，可通过实验室检查指标发现异常，骨髓抑制包括白细胞下降、血小板减少、贫血等。非血液学毒性主要包括恶心、呕吐等消化道反应，以及过敏反应、皮肤反应、脱发、神经毒性、心脏毒性等。

不同化疗药物导致的不良反应不完全相同。胆管细胞肿瘤用到的化疗药物主要有吉西他滨、铂类及氟尿嘧啶类，吉西他滨特征性的反应有脱发和皮肤反应，部分患者用药后可能会出现皮疹和瘙痒症状，需要抗过敏处理。顺铂引起消化道反应更为明显，需要加强预防呕吐的处理。氟尿嘧啶类药物可引起手足综合征和色素沉着。