功能性消化不良的诊断标准为罗马Ⅳ的诊断标准。

若患者具有中上腹部疼痛不适感、中上腹部烧灼感不适、餐后饱胀不适感、早饱不适，存在四项中的一项或多项症状。经临床评估，不能解释患者症状，且进行相关检查没有发现相应器质性疾病，如验血常规、肝功能、肾功能、血糖、肿瘤指标、结核指标，做胃镜、肠镜、腹部彩超等均没有发现器质性疾病。并且上述症状出现至少有6个月，才可以诊断患者是功能性消化不良。