发生慢性的尿路感染，治疗中最重要的是抗炎、抗菌素治疗。慢性尿路感染中最常见的是慢性上尿路感染，称为慢性肾盂肾炎，其他慢性下尿路感染相对比较少见，但也存在慢性膀胱炎等情况。当慢性尿路感染发生时，最根本、最关键的是要选择合理的、敏感的抗菌素进行治疗。

治疗慢性尿路感染时抗菌素的使用时间，要比急性的尿路感染时间长。所以这时要求抗菌素有足量、足够疗程的治疗，时间太短不能达到控制感染、预防复发的目的，有时可能需要延长到2-3个月。在长时间用抗菌素的过程当中，患者同时也要注意肝肾功能的保护。