排尿时出现腰部的疼痛，常见的原因有以下几种：
一、输尿管反流：
如果排尿时憋尿较多，而且每次排尿时，都会出现腰部的疼痛，可能存在先天性的输尿管反流。正常肾脏产生的尿液，通过输尿管到膀胱中，尿液在膀胱的储存量到达一定程度时，尿液会随着膀胱的收缩，尿道开放将尿液从膀胱排出体外，正常的尿液从肾脏输尿管到膀胱，不允许从膀胱倒流进入输尿管和肾脏。如果生理性的抗反流机制破坏或功能障碍，患者在排尿时就会出现膀胱中的高压尿液，在排尿时逆流进入输尿管或肾脏，出现腰部疼痛。
二、肾盂肾炎：一般泌尿系的感染，包括上尿路和下尿路：
1、下尿路感染：例如膀胱炎和尿道炎，常见有尿频、尿急、尿痛等尿道的刺激症状；
2、上尿路感染：尤其肾盂肾炎患者，可能会出现腰部疼痛或发烧等情况。而上尿路感染的患者很少出现下尿路刺激症状，一般表现为腰痛发热，有时尿路感染较严重时，会出现排尿时腰部疼痛症状。