足跟血检查主要是检查甲状腺和苯丙酮尿症两种疾病，因为这两种疾病都会影响婴儿的智力和生长发育。若不合格则要观察是哪种不合格，复查之后若还不合格，则必须在早期进行药物治疗，否则就会错过最佳的治疗时期。若诊断为先天性甲状腺功能低下，一定要按照医生的要求补充甲状腺素，并随年龄增大而调整剂量。若诊断为苯丙酮尿症，应严格控制婴儿的饮食，进食含低苯丙酸的奶粉，定期调整食谱。
通常1岁以下的婴儿每个月调整1次食谱，1岁以上的小孩可以2个月调整1次，学龄儿童可以3-4个月调整1次，而且还要定期复查婴儿血液中苯丙氨酸的浓度。每6个月至1年对婴儿进行体格发育和智能发育的检查，至少治疗到青春期发育成熟，最好终身治疗。女性苯丙酮尿病的婴儿到生育年龄，需在妊娠前半年开始严格控制饮食，监测血苯丙氨酸的浓度直至分娩，以免影响胎儿神经系统的发育。
