小儿扁桃体炎的并发症分两个部分来说，扁桃体局部器官感染及其邻近器官感染。扁桃体局部器官感染多见扁桃体周围脓肿，多见于青壮年，10岁以下的婴幼儿很少见，主要表现为吞咽困难或语言含糊不清、流口水，同时会波及颈部淋巴结发炎。
如果扁桃体发炎向上可以侵犯邻近器官感染，包括急性鼻炎、鼻窦炎，表现为鼻涕、流黏涕、发热；扁桃体炎向下可以侵犯喉部引起急性喉炎，小朋友会有声音嘶哑、犬吠样咳嗽；侵犯到以下有可能发生急性支气管炎，表现剧烈咳嗽或者咳嗽有痰；再往下走又可以侵到肺部，引起急性支气管肺炎，是临近的局部器官感染。全身组织感染，多见于心肌炎、风湿热、急性肾小球肾炎、急性胆囊炎、急性阑尾炎，如果患儿出现以上症状，建议及时来医院就诊，以免延误病情。
