巧克力囊肿腹腔镜手术属于临床治疗子宫内膜异位囊肿的手术方式，危害通常指手术并发症。如果做腹腔镜手术，常规并发症有出血、感染、麻醉意外、伤口愈合不良等。

巧克力囊肿在形成过程中有粘连，周围脏器损伤几率较高，巧克力囊肿长在卵巢比较多见，因为出血，容易形成陈旧性积血，周围产生包裹。包裹可能会粘连在子宫后，粘连在侧腹壁、输卵管或者其它部位，做手术时需要分离粘连。如果粘连在输尿管上，可能会损伤输尿管，粘连直肠，可能会损伤直肠。除外粘连后，还可能出现出血、复发、卵巢功能下降等。