尖锐湿疣是由HPV感染造成皮肤黏膜的疣状损害，HPV病毒又根据是否引起癌变分成高危型病毒和低危型病毒。既可由低危型HPV病毒感染造成，也可由高危型HPV感染造成。低危型病毒感染没有大的危害，只是形成疣体，但高危型病毒感染会引起女性宫颈癌，引起皮肤黏膜上的病变，比如口腔癌、咽癌、喉癌。所以从危害上讲，如果单纯是低危型造成，没有大危害，也没有长远影响，但从高危型的角度来讲，会引起癌变，所以应该积极治疗。
对于女性尖锐湿疣患者，如果治疗不及时则可能在生育时引起孩子的感染，如果孕妇感染尖锐湿疣会引起新生儿复发性呼吸道乳头瘤病。男性尖锐湿疣患者如果治疗不及时可能传染给女性，如果是高危型感染可造成女性阴道或宫颈上高级别病变，甚至宫颈癌。
另一大类危害是来自于心理上问题，因为尖锐湿疣是性传播疾病，会造成心理上巨大的障碍。建议患者不要在心理上过度将其复杂化，如果是因为性传播而来，就积极治疗以后避免性生活；如果不是因为性传播而造成，也应注意避免性生活。
