便秘和腹泻交替出现可为功能性疾病和器质性疾病两大类疾病引起。

功能性疾病是指通过检查，例如大便化验、结肠镜检查等没有发现异常，但是患者持续存在症状，这一类疾病称为功能性疾病。可能由于胃肠动力学异常或中枢调节异常、肠道菌群异常以及患者精神心理因素等都可能造成肠道功能紊乱，从而造成便秘和腹泻交替症状。肠易激综合征是较常见的功能性肠病，一般以中青年多见，在我国发生率较高，大概10%左右，此类患者可以通过药物调节治疗。

器质性疾病患者较多见便秘与腹泻交替症状，即肠结核或结直肠癌。如果患者同时伴有体重下降、便中带血、顽固性腹胀、贫血、低热、盗汗等，尤其50岁以上新发症状需要高度警惕是否存在器质性疾病，此时患者应到医院进行及时结肠镜或大便化验，以免耽误病情。