当患者发生肛周脓肿时可使用百多邦和多霉菌素治疗，还可以应用中药，如金黄散。肛周脓肿通常与性激素水平相关，常发生于男孩，还有观点认为肛门结构异常时也可以导致肛周脓肿，如肛管出现异常。

肛周脓肿在临床上可以分为早、中、晚期，当患者早期脓肿较小，可使用百多邦、多霉菌素涂抹后进行观察。若后期依然出现脓液应及时切开引流，并进行排脓治疗，使患者尽快痊愈。