鼻咽癌最好发部位是鼻咽，鼻咽在鼻子后面有一个腔，最好发部位是鼻咽底壁及两个侧壁。肿瘤除容易侵犯原发区域外，70%鼻咽癌患者可能出现颈部淋巴结转移，治疗结束后20%患者可出现全身转移，全身转移最常见部位是骨、肺、肝等。所以要定期检查，包括肺、肝、骨骼检查。

如果早期发现转移，可以早处理。因此鼻咽癌好发部位为鼻咽，最容易转移到颈部，还可能通过血行转移到骨头、肺和肝。