慢性咽炎是很不好治疗的疾病，因为一旦到了慢性，很多炎症都较难治疗。原因是急性感染期间没有得到及时治疗处理，而导致炎症，病理、生理改变是逐渐发展的过程，而且这种发展过程很难用药物来逆转。

除此之外，慢性咽炎还有其他因素，如不良生活习惯、抽烟、喝酒，过多饮食辛辣食物，导致局部黏膜受刺激、受损伤，这种损伤在修复时也产生炎症变化。有些患者经常有不良生活习惯，如经常熬夜会造成人体内分泌紊乱。现在生活节奏加快，外界环境污染，会对上呼吸道黏膜产生损伤。近来发现很常见的反流性咽喉炎，所导致的慢性咽炎也越来越多。