微血管减压手术引起头疼的原因如下：

1、术中蛛网膜下腔出血，由出血刺激导致；

2、手术刺激可导致局部血管痉挛，手术以后患者可能会出现头疼；

3、由于存在切口，在麻醉药物的药效消失后引起头皮疼痛；

4、微血管减压之后，由于颅内脑脊液流失过多，患者可以出现低颅压并引起头痛。

所以微血管减压术后建议患者卧床，在48小时以后再坐起活动。