支原体感染经治疗后反复发作，如果患者出现相应症状，并造成一定影响时，可再次进行药物治疗。患者可根据支原体培养药敏结果选择合适抗生素进行治疗，通常以美满霉素、阿奇霉素、氧氟沙星等抗生素治疗为主，对于出现反复感染的情况，可能由于耐药率较高所致，此时还需根据药敏结果进行选择。通常认为不易出现耐药的抗生素包括美满霉素和阿奇霉素，耐药率相对较低，易复发的患者可进行再次选择。
但如果仅在单纯检查中存在支原体阳性情况，患者并无症状，未出现尿道炎或精液质量受到影响，女性未出现盆腔炎、阴道炎等症状时，患者不必过于紧张。此类情况并非支原体感染，即性病，若患者仅单纯为支原体阳性，实际并未出现不适感，可以暂时观察。因为支原体可能类似于皮肤表面的细菌，仅正常寄生于此，并未对人体造成影响。
