3个月宝宝感染巨细胞病毒，可能为胚胎期通过母亲感染，也可能在宝宝出生后，母亲存在巨细胞病毒感染，通过乳汁感染孩子。常见治疗方式包括以下几种：

1、抗病毒治疗：若宝宝病情较重，可以静脉给予阿昔洛韦进行抗病毒治疗，病情较轻时也可口服阿昔洛韦进行治疗；

2、保肝治疗：巨细胞病毒感染可造成肝细胞损害，进而出现转氨酶增高，严重时可能出现黄疸，尤其可能出现直接胆红素增高。此时需要积极给予保肝治疗，可以口服维生素C、保肝药物等，严重时也可以进行静脉输液治疗。保肝药物较多，可以根据宝宝具体情况选择。

此外，若母亲存在巨细胞病毒感染，需检测乳汁内巨细胞病毒，如果发现乳汁内存在巨细胞病毒感染，则应暂停喂母乳，待母亲治愈后再进行母乳喂养。