衣原体检查一般是在女士孕前或是怀疑男士由支原体、衣原体引发非淋尿道炎时所做的检测。检查时，一般会使用专用棉签，取尿道外口分泌物，送病原微生物科做鉴定。

若衣原体阳性，可诊断衣原体相关的妇科感染或尿道感染。衣原体是在细菌和病毒之间的一种致病微生物，主要在男士诱发尿道炎，特点主要是尿道外口会有严重瘙痒感，出现细胞分泌物，可应用大环内酯类抗生素进行治疗，如罗红霉素、阿奇霉素等，此类药物治疗疗程较长，直至复查尿常规，衣原体阴性，才可证明临床治愈。若诱发妇科感染，亦可使用大环内酯类药物进行治疗。