革兰氏阴性菌跟革兰氏阳性菌区别，在于细菌细胞壁不同。实际革兰染色所染的是细菌的细胞壁，因为细胞壁结构的不同，部分细菌染完以后革兰染色为阴性，而有部分细菌染完后是阳性，因此可以依靠此方法区分细菌。

革兰氏阴性菌跟革兰氏阳性菌因为细胞壁结构不同，用药选择时也会有所不同。部分抗菌药物比较适合治疗革兰氏阴性菌，比如三代头孢菌素。其他抗菌药物比较适合治疗革兰氏阳性细菌感染，如第一代头孢菌素，头孢拉定适合治疗革兰氏阳性菌感染。