慢性结肠炎通常是多种原因引起的肠道炎症性改变，包括特异性慢性结肠炎和非特异性慢性结肠炎，预后有所不同。慢性结肠炎治疗时间根据疾病种类不同而不同，具体如下：

1、细菌引起的慢性结肠炎，抗菌治疗效果较好，配合中药治疗，多可在1-2周达到控制效果。但也取决于程度不同，比如细菌性结肠炎由金黄色葡萄球菌或者绿脓杆菌等比较顽固细菌引起，无论中药或者西药治疗都相对比较困难；

2、结核性慢性结肠炎，抗痨治疗效果非常好，通常需要治疗6-12个月，配合中药疗效更好；

3、病毒性慢性结肠炎，通过中药治疗效果非常好，通常一年左右症状能够完全缓解；

4、特异性结肠炎，包括阿米巴肠炎，有一定特效治疗手段，比如常用甲硝唑治疗，通常2-4周左右症状消失；

5、非特异性慢性结肠炎，主要有溃疡性结肠炎和克罗恩病，溃疡性结肠炎属于自身免疫相关慢性结肠炎，症状有腹痛、腹泻、黏液脓血便等。治疗疗效虽好，但容易复发。所以，在国外以前主张吃药维持治疗3-5年。最新指南提出终身服药，中药配合治疗也能达到很好效果。所以，在急性期诱导缓解，而在慢性期可采用中药，尽量长时间使用中成药维持缓解。