慢性肠炎可以由环境、免疫遗传、精神因素造成，有时与细菌、病毒、立克次氏体等微生物感染有关。如果是细菌感染，比如常见的细菌性痢疾，应积极给予抗生素使用，并且补充电解质，通过缓解症状，随着细菌的控制，症状会自然消失。
有些慢性肠炎与免疫相关，比如克罗恩病或溃疡性结肠炎，需要进行激素类或免疫抑制剂类药物治疗。对于以上因素引起的肠炎，主要治疗目的是减少并发症，比如创口出血、梗阻、癌变等，因此定期肠镜检查对于结肠炎患者很重要，有时肠炎患者容易出现便血，因此控制因便血引起的营养不良和贫血症状，是结肠炎的治疗目标之一。
