肠道菌群紊乱最常见的表现包括嗳气、腹胀、腹痛、大便稀溏等症状。另外，还会引起情绪的变化。老年痴呆、自闭症、肝病发生和发展脂肪肝、糖尿病等均与肠道菌群息息相关。所以整体而言，症状较广泛。

肠道菌群量并不大，只有180MPN/100ml。但现在认为它是人体的第二大脑，肠道菌群不但引起肠道疾病，还会影响患者情绪。