一般CT对所有的器质性疾病都可以进行检查，尤其是对密度差异大的器质性、占位性病变可做出定性诊断。如脑部的疾病，其中对肿瘤、出血、梗死等病变检查效果好。胸部的疾病由于肺内含气，不管是炎症还是肿瘤，和含气的肺组织的对比特别明显，检查效果好。也可对纵隔疾病，周围大血管、脂肪以外的病变诊断。对于腹部实质脏器，比如肝、胆、胰、脾、肾的肿瘤、结石，都可以做出明确诊断。但CT对子宫或前列腺显示效果差，但可以从大体形态的改变预估疾病，再做进一步检查。

CT对弥漫性病变，尤其是对神经系统变性疾病的诊断效果差。对于胃肠道的病变，由于胃肠道空虚，胃壁也比较薄，显示效果不如胃镜，但可以通过CT，了解肿瘤侵犯范围以及有没有远处转移。总之，CT的检查效果较好。CT对大血管的病变，比如冠状动脉、主动脉、下肢的血管，通过增强扫描、三维重建，可以表现出类似于血管造影的表现，检查效果较好。