阿米巴病变部位的分布，依次为盲肠-升结肠-直肠-阑尾-回肠下端。发生肠道阿米巴病时，阿米巴滋养体可以由肠道经血液和淋巴蔓延至远处器官，引起肠外阿米巴病，其中肝囊肿较常见。还可以在肝内形成脓肿，以栓子的形式进入肺、脑、脾等组织和器官，形成脓肿。另外，胸膜、心包、脑部、腹膜、胆囊、泌尿系统，甚至女性生殖系统，都有可能出现肠外阿米巴病。
阿米巴感染普通型起病较缓慢，有腹部不适、大便稀薄、腹泻、大便数次增多、便秘的表现，腹泻时大便略有脓血，呈痢疾样改变。痢疾样大便可增至10-15次/天或以上，伴有里急后重、腹痛加剧、腹胀。回盲肠、横结肠、直肠部有压痛，有时与溃疡病或阑尾炎类似。全身症状较轻，与细菌性痢疾不同，粪便有少量或者多量滋养体，有腐败腥臭味。
