儿童间歇性斜视的原因，总体来说应该是原因不明，有可能因为是大脑对眼睛的控制能力差导致。因为两眼融合功能是大脑控制，虽然不能明确融合的中心，是因为大脑的研究远远还没有达到所有方面的程度，但是能够知道确实是大脑在控制两眼。

还有可能因为眼眶跟眼外肌之间的关系，以及眼外肌的发育平衡性、神经支配的平衡性，还有就是人的知觉和眼睛肌肉之间的相互关系。总而言之，是非常复杂的情况，不能够说明具体某一个人是因为什么原因造成的间歇性斜视。

但是间歇性的斜视是由于有了斜视的存在，所以导致双眼的视功能受影响。在做手术的时候，并不能够发现这种儿童眼睛明显有肌肉不对称的情况，所以不能归结为就是肌肉或者是神经支配的问题。

但是总而言之，一定是有一定的原因，而且外斜视也有易感基因、家族聚集性的基因，而且经常会遇到有明显的家族史，所以可能会有基因层面的原因。但是具体是什么样的基因导致这样的问题，现在仍然在研究之中。