杂菌性龟头炎需要进行对因治疗。若患者有包皮过长，一定要切除过长的包皮，即进行包皮环切，严重水肿期时需暂时推迟手术，要彻底清除局部炎症。包括局部使用抗生素等药物，还要每天认真清洗，清洗时将包皮翻开，完全清洗冠状沟，将所有包皮垢清除干净，之后涂抹针对性的抗菌素。
部分杂菌性龟头炎患者合并有霉菌感染，所以需使用抗霉菌的药物。可能还需使用抗生素，如红霉素软膏等抗菌素药膏，抑霉菌素软膏以及金达克宁等其它药物，针对性进行使用。通常用药5-10天后，等炎症、水肿消失后，再通过手术切除包皮。包皮切除后仍然要保持健康、卫生、良好的生活习惯，每天清洗外阴，定期更换内裤。
