瘢痕疙瘩的病因是一个未解之谜，因为到现在为止没有一个公认和权威的说法。目前较多认为它是一种瘢痕组织非正常的永生化倾向的一种生长，与恶性肿瘤相似，即细胞永生化、不凋亡，超过原来组织的损伤。
但是它与恶性肿瘤的区别就是很少有远处的转移，比如淋巴的转移、血行的转移。瘢痕疙瘩是局部侵袭性的增长，一般是外向性增长，不向内部组织中浸润。总而言之，现在也有部分人认为基因变化是瘢痕疙瘩的根本原因，包括蛋白递质，或者是一些生长因子。目前没有一个确切的说法，也导致它的治疗方法有很多。