小肠瘘治疗比较复杂，可以分成局部治疗和全身治疗、手术治疗和非手术治疗。

在小肠瘘的治疗初期，需要做到引流通畅，将肠液引出体外，维持患者水电解质及酸碱平衡，需要给予合理、足量的营养支持，并且选择广谱足量的抗生素。待情况稳定以后，多数患者可以停用抗生素。

如果治疗比较有效，小肠瘘可能在治疗后4-6周或6-8周愈合。如果经过2-3个月非手术治疗后小肠瘘没有愈合，可以选择手术治疗，包括瘘口切除、带蒂浆肌层皮瓣的修补等。