尿路感染时，可以应用氟哌酸进行治疗。在尿路感染治疗中，核心药物是抗生素。抗生素选择主要依据尿培养结果，同时可以经验性用药，包括磷霉素氨丁三醇、匹美西林、呋喃妥因、喹诺酮类，以及第二代和第三代头孢菌素。氟哌酸属于喹诺酮类药物，因此对于尿路感染治疗有效。
氟哌酸属于老一代的喹诺酮类药物，目前有新型药物出现，临床上应用较多的是左氧氟沙星，其主要代谢是通过尿液，尿药浓度较高，对控制尿路感染比较有效。除抗生素治疗外，如果排尿刺激症状比较严重，还可以应用针对症状缓解的药物，如黄酮肽类的药物或者M受体阻滞剂。对于症状相对较重，还可以用碱化尿液的方式进行处理，如口服碳酸氢钠。
