上厕所小便时有时出现肾区疼痛，有时可能是泌尿系统结石，或者是梗阻、肿瘤的表现。常见原因如下：

1、泌尿系统结石：一般上厕所时可能没有明显症状，但是如果具有泌尿系统结石，在排尿过程中就可能会导致结石位置变动，出现疼痛症状。此时一般表现为腰腹部疼痛，同时伴有小便带血。此时需要查泌尿系统超声或者是CT，明确结石的部位、大小，采用相对的保守治疗或者是手术治疗；

2、感染：对于肾盂肾炎主要表现为尿频、尿急、尿痛的症状，同时还具有全身发热的症状，此时需要选择敏感的抗生素来进行针对性的治疗；

3、梗阻或肿瘤：还有一种情况肾区疼痛可能是肾脏或者肾盂、输尿管里，具有梗阻或者是肿瘤，这种情况可能会出现一定症状。一般除了疼痛以外，还伴有小便带血。

总体来说上厕所时出现肾区疼痛，需要及时到医院进行就诊，采尿常规、泌尿系统超声或者CT，明确是否合并有泌尿系统结石、肿瘤，梗阻、炎症等。针对不同的原因，选择针对性的治疗，药物治疗或者手术治疗，以便及时缓解患者症状。