自身免疫性脑炎根据疾病轻重程度不同，患者死亡率各异，如NMDA脑炎死亡率和致残率较高，如未尽早识别、诊断，未给予相应免疫治疗患者预后相对较差，据估测死亡率大概在10%-20%，具体死亡率与医院救治条件、诊疗手段、诊疗水平有关。

临床上多数患者出现呼吸肌麻痹，其与中枢性过度通气、通气不足有关，常面临气管插管、机械通气等情况。同时自身免疫性脑炎存在药物不敏感，通常预后较差，死亡率偏高，需要积极护理。所以患有自身免疫性脑炎应到医院就诊，积极配合医生、积极治疗，预后相对较好，但如果错过最佳治疗时机，预后比较差。