目前进行腭裂手术的最佳时间推测是患儿约2岁时，此时患儿体重达到一定标准，手术抵抗力增强，所以进行全身麻醉手术时，风险发生几率明显降低。同时2岁也是儿童学习说话的开始阶段，此时进行手术对患儿将来说话和构音影响较小。

随着科学进一步发展，腭裂的手术时间有提早趋势，但需要根据医生和医院的水平来综合考量，包括麻醉科和相关科室儿科的水平。早期手术可能导致患儿出现手术并发症，有发生手术危险、意外的可能性。