器官移植基因配型的意义是经过配型以后，把HLA类基因相近的病人即供体和受体之间进行器官移植，做完手术以后能明显减少术后的免疫排斥反应，也可大大提高移植器官的长期存活率。
器官移植手术成功关键是手术前的基因配型，理论上只有同卵双生的病人进行器官移植没有排斥反应，除此以外都面临着非常严峻的免疫排斥反应。所以在手术之前一定要进行器官移植基因配型，即HLA类基因配型，也称为人类白细胞抗原基因配型。