霉菌性尿道炎，临床最常用的药是制霉菌素片、氟康唑、特比萘芬，效果比较好。还可以用一些中成药，包括三金片、银花泌炎灵，也有治疗尿道炎的作用，可以减轻尿道的水肿，促进局部的血液循环。
还可以通过多饮水，保持尿道外口、会阴部的干燥，清洁卫生，霉菌在会阴部不容易存留，不容易生长。
如果通过这些治疗的方法，效果不好，炎症比较重，还可以静脉点滴，如使用制霉菌素等药物静脉点滴。静脉点滴副作用比较大，一般用于严重的霉菌性感染，大部分通过口服或者外用一些药膏，症状会消失。
最重要的还要增强自身的抵抗力，尽量少用广谱的抗生素，用广谱抗生素以后，可以抑制其他的细菌，霉菌生长会更快。
