阵发性睡眠性血红蛋白尿常规的治疗主要是控制溶血的发作，溶血发作的时候常用药物包括右旋糖酐、碳酸氢钠、肾上腺皮质激素，其中最常用的是泼尼松等免疫抑制剂。如果患者有全血细胞减少，可以用雄激素等药物刺激造血细胞生成。长期血红蛋白尿可以导致缺铁，引起缺铁性贫血，因此明确缺铁以后要进行补铁治疗，但是补铁治疗应该从小剂量开始。用于治疗阵发性睡眠性血红蛋白尿目前有一些新药如Eculizumab，是人源型的抗C5单克隆抗体，也已经用于临床治疗。另外中重度贫血的患者要进行红细胞的输注，红细胞输注除了能够提高血红蛋白、维持组织需要的氧外，还可以抑制红细胞生成，间接减少补体敏感的红细胞。部分患者在病程中出现血栓，需要进行血栓的抗凝治疗。