关于CT的应用，目前研究最深入，应用最多的就是人体神经系统。CT作为神经系统检查的首选方法，对神经系统的疾病诊断、治疗效果评价，以及预后的判断都具有积极的作用。通常先天性发育畸形、外伤、血管性病变，其中就包括脑出血、脑梗死等，以及肿瘤、炎症、脑变性疾病都可以进行CT检查。

CT对于病变的定位、定性比较可靠，多数情况下参考临床情况，对于是否肿瘤性病变，肿瘤的良性或者恶性，原发肿瘤或者转移性肿瘤，都可以做出准确的鉴别。当然CT也有一定的限度，如果病变太小或者位于CT检查很难发现的部位，比如颅底，可能会漏诊，此种情况下可以通过磁共振或者其它的方法进行进一步的检查。