12岁男孩生殖器发育很小，即阴茎较小，属于临床上常见现象，主要原因如下：

1、未发育：此时男孩的阴茎可能还未发育，建议家长带男孩就诊，进行测骨龄是否达到12周岁。部分男孩仅为11岁半，还没有进入发育阶段，此时无需过于担心，属于正常现象；

2、肥胖：部分12岁男孩生殖器发育较小，可能是由于体型较胖，导致阴茎头缩在内部，小便时或用手推阴茎较正常。建议男孩及时减肥，控制体重，尤其是腹部脂肪，即可露出阴茎头；

3、遗传：可能与遗传有关。

因此，12岁男孩生殖器发育很小，家长应带到医院咨询医生。