朗格汉斯细胞组织细胞增生症转移至脑颅可以治愈，要分清楚转移具体部位及是否引起中枢神经系统功能改变。如影响垂体，可能出现多饮、多尿，可以治愈。部分病人转移至脑实质，相当于占位病变，此时需神经科医生共同确定转移灶性质及是否需要进行外科干预，也可通过化疗药物穿透血-脑屏障，给予治疗。

除此以外还应分析有无基因突变，存在基因突变者细胞恶性程度较高，可穿透血-脑屏障，种植于脑实质部位引起相关症状，如瘫痪、抽风、惊厥及脑功能异常。此时需神经科、外科及脑神经科联合制定治疗方案。化疗药物较少能直接透过血-脑屏障进入受累部位，但靶向药物为小分子制剂，可通过血-脑屏障进入并作用于受累部位，以达治疗目的。