甲胎蛋白在1000μg/L以上，不一定是患有肝癌，应根据患者是否为肝癌高危人群，以及有无生殖器肿瘤分析。如果排除生殖器肿瘤，且有慢性肝病，属于肝癌高危人群，甲胎蛋白在1000μg/L以上，肝癌几率较高，需进一步进行影像学检查，确定肝脏是否有占位性病变。影像学检查包括肝脏CT平扫和增强，或肝脏核磁共振平扫和增强，均可找到肝癌病变。

少数患者是肝癌高危人群，甲胎蛋白在1000μg/L以上，但通过CT或核磁共振找不到肝脏占位，有可能是有癌细胞出现，但还没有形成癌肿病灶。此时应定期做肝脏影像学检查，尽早发现肝癌占位性病变。另外，通过CT和核磁没有发现肝脏占位时，还可以采取肝动脉灌注造影的办法，查找是否有占位。