脸上长扁平疣想要根治，方法如下：

1、物理疗法：如二氧化碳激光、液氮冷冻、电离子烧灼、微波治疗等，扁平疣由人乳头瘤病毒即HPV病毒感染引起，是常见病的毒性皮肤病，主要表现为脸部、手背、前臂等处出现疣状扁平小丘疹。如果数量不多首选物理治疗，通过冷冻、低温或者二氧化碳激光的高热，将局部疣体破坏使其坏死脱落或者直接气化，可以将扁平疣去除。只要能够仔细治疗将所有疣体均去除，也可以实现根治；

2、用药：有时还可以配合使用抗病毒药物进行治疗，比如干扰素、咪喹莫特、氟尿嘧啶乳膏等，联合使用维A酸乳膏对扁平疣也有一定治疗作用。如果扁平疣数量多容易复发，可以配合使用调节免疫力的药物进行治疗，比如口服转移因子、左旋咪唑、胸腺肽等，还可以肌肉注射斯奇康等提高免疫力；

3、自体疣埋植术：有些还可以考虑采取自体疣埋植术，通过刺激细胞免疫达到根治扁平疣的目的。