松果体细胞瘤位置处于大脑中最核心的位置，靠近最核心的结构。松果体周围最为常见的包括脑深部引流静脉，脑干，大脑内静脉，静脉均为深部脑核团的引流静脉，功能十分重要。脑干掌控人的意识、呼吸、心跳、血压、四肢运动等重要的功能。所以相对而言，松果体细胞瘤的手术风险比浅部肿瘤大的多。做手术时面临的风险包括：

1、出血：脑深部静脉的出血，这类静脉出血非常可怕，静脉损伤可能导致脑深部重要核团重要组织的水肿，有致命的危险；

2、重要神经核团的损伤：脑干损伤可能会导致病人出现动眼神经麻痹、面瘫、嘴歪眼斜、声音嘶哑甚至出现偏瘫等严重并发症。手术在高倍显微镜底下进行，所以手术主要目标为尽可能的避免和预防并发症。