小孩子消化不良一般主要是针对消化不良进行药物治疗，常用消化不良药物是胃动力药，比方吗丁啉、西沙必利等。当然，需要在进行相关检查基础上，比方胃镜、胃肠动力检查基础上进行药物治疗。

调整肠道功能治疗主要是益生菌，现在针对肠道功能消化不良益生菌很多，常用培菲康、金双歧杆菌、布拉氏酵母菌散等。小孩子消化不良除药物治疗以外，还有中国传统治疗的方法，即中医治疗，中医治疗从整个脾胃调整上很有效。现在除中药治疗以外，还有小儿推拿等都可以对小儿消化不良进行治疗，进行穴位推拿可以帮助提高小孩消化功能。