乳腺囊肿由于位于乳腺内部，因此在消除时需要选择有创方式。通常临床专科医生在选择做乳腺囊肿手术时，如果囊肿在2cm内，可以推荐病人选择微创手术。微创手术是用大概手指粗细的活检针穿刺到乳腺内部，在乳腺囊肿下方将囊肿壁进行完整吸除，同时对内部液体进行吸除，从而可以将乳腺的囊肿进行完整切除。另外，对于2cm以上的囊肿，由于微创手术可能会引起残留，所以会选择进行开放性手术，即皮肤上做小刀疤，再把腺体剥开，将腺体内部囊肿进行完整剥离。
进行微创手术或开放手术对于临床医生最重要是让囊壁获得完整切除，因为囊壁本身有分泌液体功能，如果残留囊壁在腺体内部，依然会分泌液体，最终在一定时间内，或几个月、半年时间内会形成新囊肿。如果发生此种情况，则并没有达到手术目的。因此在与病人沟通时需要充分获得病人认可，需要告知病人在选择手术方式时需要保证能够将囊壁完整切除。
