巧克力囊肿是盆腔子宫内膜异位症异位到卵巢的形象称谓。正常情况下子宫内膜受卵巢雌、孕激素影响会发生周期性脱落。同样子宫内膜如果异位到卵巢以后，也会在雌、孕激素的作用下出现周期性脱落，长期血潴留会形成囊肿，陈旧性血样类似巧克力，因此称为巧克力囊肿。因为它是反复出血形成纤维化，所以巧克力囊肿一般和周围组织形成致密粘连。大部分巧囊会伴随盆腔其它部分子宫内膜异位，所以出现继发性进行性痛经。时间长以后全周期都可出现下腹疼痛，且于月经期加重。
因为属于明显激素依赖性肿瘤，自然绝经后会自愈。此类女性可以通过人为使用药物停止排卵，例如口服避孕药或宫腔放置曼月乐环持续向宫腔释放孕激素，异位的内膜可以恢复。注射GnRH，在司令部区域可以抑制排卵。如果肿瘤过大，则需要进行手术，手术以后再辅助进行其它治疗。
