超声介入治疗巧克力囊肿无任何副作用，疗程短、创伤小，患者恢复较快、体验感较好。治疗疗程可根据囊肿大小确定治疗次数，例如囊肿较大时可以进行2-3次，每次治疗时间20分钟左右。

超声波治疗较为安全，痛苦小、不易复发，同时属于一种机械波，不含放射线，与X射线不同，对人体无任何伤害。因此，超声介入治疗属于无创治疗方法，治疗时不开刀、不穿刺，患者在接受治疗时毫无痛苦。