支原体与衣原体感染的临床症状非常相似，且治疗方法也完全相同，即使用大环内酯类的抗生素或四环素类的药物，因此从感染的临床表现以及治疗的角度而言，二者无明显区别。但两种微生物本身不同，且感染的器官发生率也不同，常见分析如下：

1、发生率：支原体、衣原体的感染常见于呼吸系统，即肺部，以及尿道、生殖系统等。目前支原体、衣原体引起的非淋菌性尿道炎的发生率越来越高，衣原体在尿道炎中的发生率占非淋菌性尿道炎的40%-50%，而支原体大概占20%-30%；

2、微生物本身：衣原体常寄存于腺上皮，在细胞中寄生，引起局部的感染和炎症的出现，导致出现分泌物，或尿频、尿急等现象。支原体中的肺炎支原体，是常见的引起肺部感染的类型，解脲支原体、人型支原体、生殖支原体是引起尿道感染的主要亚型，支原体无细胞壁结构，在细胞外生长，是目前所知的最小微生物。