艾滋病口腔溃疡与普通的口腔溃疡主要的区别在于愈合进展、病因，以及主要症状、伴随症状等方面。

1、愈合进展：大部分的普通的口腔溃疡1-2周内就可以痊愈。而艾滋病的口腔溃疡患者病程持续的时间会更长，反复发作，艾滋病的口腔溃疡可能并发症更多，更不容易愈合。

2、病因：普通的口腔溃疡多是因为缺乏微量元素和维生素、体内激素水平改变、药物影响以及喜欢进食辛辣食物，或者是精神紧张以及局部创伤等引起。

而艾滋病口腔溃疡多是由于艾滋病病毒攻击并损害机体免疫系统使人体免疫功能丧失，口腔部位受到真菌感染而导致的。

3、主要症状：具体表现和分布并没有明显的差别，多见于颊黏膜、口唇、舌头等部位，呈圆形或椭圆形的溃疡，可覆盖黄或者白色的衍生物，口角可以有皲裂，但是艾滋病口疮患者症状可能会比较重。

4、伴随症状：艾滋病口腔溃疡患者可能会伴有全身淋巴结肿大、发热、腹泻、体重下降等多种症状的表现，而普通的口腔溃疡一般并不会伴有以上的严重的症状。