黄连清胃丸和牛黄清胃丸在药物成分、功效和适应证方面都存在一定的区别。

1、成分：黄连清胃丸的主要成分包括黄连、栀子、连翘、大黄、升麻、知母、当归等中药材，而牛黄清胃丸的主要成分是牛黄、大黄、菊花、麦冬、薄荷、石膏等中草药。

2、功效：黄连清胃丸主要用于治疗口舌生疮、牙龈肿痛、胃热疼痛等症状。具有清热解毒、和胃止痛的功效。而牛黄清胃丸则主要针对胃火牙痛，或上焦实火导致的牙龈肿痛、便秘、头晕目眩有一定的改善效果，具有清胃泻火、润燥通便的功效。

3、适应证：黄连清胃丸主要用于胃热症状，比如急性胃炎、胆囊炎、黄疸、便秘、口渴等。而牛黄清胃丸，主要用于急性胃肠炎和胃肠疾病所导致的症状。

4、注意事项：黄连清胃丸如果过量，会引起患者出现腹泻的症状。而牛黄清胃丸会导致患者脾胃虚弱，出现呕吐、腹泻等症状。

因此，黄连清胃丸和牛黄清胃丸虽然都有清热解毒的效果，但在成分、功效和适应证上存在差别，需要根据个人症状表现对症用药。同时服用上述两种药物要注意用法、用量和相关禁忌证，避免出现不良反应。如需要服用药物，请咨询医生或专业人士。