中医脾胃科主要治疗的是胃肠道的疾病，包括消化道以及肝胆胰脾等方面的问题。

常见的临床疾病有慢性胃炎，例如浅表性胃炎和萎缩性胃炎、糜烂性胃炎、结节性胃炎，以及消化性溃疡，例如胃溃疡、十二指肠溃疡、复合性溃疡、幽门管溃疡。

还有就是消化道的肿瘤，例如食管癌、胃癌、结肠癌、直肠癌等，这些都属于脾胃病的范畴，以及胃食管反流病，像反流性食管炎、胆汁反流性胃炎。

还有就是结肠方面的疾病，慢性结肠炎以及炎症性肠病，包括溃疡性结肠炎、克罗恩病，坏死性肠炎、缺血性肠炎、不全肠梗阻和完全性肠梗阻、急慢性胰腺炎、急慢性胆囊炎、消化道出血、便秘、胃下垂以及功能性胃肠病，都属于中医脾胃科的范畴。