阴茎有疼痛可能是阴茎外伤引起的症状，也可能是泌尿生殖道的感染导致的症状，还可能是勃起时间过长产生的症状。

1、阴茎外伤：当患者出现阴茎的外伤时，会出现软组织挫伤导致疼痛。同房后也会出现阴茎的疼痛，也属于外伤导致的症状。如果轻症的患者可以进行热敷、冰敷或者外用药对症处理。如果症状比较重，合并有排尿困难的情况，需要到泌尿外科进行就诊。

2、泌尿生殖道的感染：包括尿道炎、膀胱炎、包皮炎等情况，均可以引起阴茎疼痛、尿频等不适。需要完善尿常规，如果尿常规提示有感染，需要在医生的指导下进行抗感染治疗。

3、勃起时间过长：此外患者勃起时间过长，也会导致阴茎的疼痛，所以要避免阴茎的过长时间的充血。

平时更要注意阴茎的卫生，保持阴茎干燥、清洁，多吃清淡饮食、少吃辛辣刺激性的食物，多喝水、多排尿，注意夜间的睡眠。