当病人做完了各项检查放在医生面前，根据这些资料医生就会做出诊断并设计出治疗方案。虽然仅几分钟，但决非一时灵感，而是经过比最先进电脑还要快的推理、对比和分析的结果。
首先从病人家属所描述的发作情况，医生要判断那些方面符合癫痫的特点，有那些地方不符合。然后，权衡轻重，最重要最基本的方面是否符合癫痫，同时对比一下病人的情况是否与某些非癫痫性但有发作症状的疾病有符合之处，如果前者为是，后者为否，癫痫的诊断就会浮出水面。
接着首先看脑电图的结果，分析脑电图所表现的波形有没有与癫痫相关的现象。除正常脑电图外，频率变慢了或者慢波增多了，虽然是异常但与癫痫关系不大，如果有癫痫样波形是对临床诊断最大的支持。既使是正常脑电图如临床症状非常符合癫痫，也会初步考虑为癫痫，因为正如在介绍脑电图时所强调的由于记录条件癫痫病人可以表现为正常脑电图。
诊断初步确定仅完成思考过称的第一步，根据病人发作的情况和脑电图的表现要进一步确定是什么类型的发作。这是一个复杂的排列对比过程，把病人的资料和医生大脑中贮存的各种发作类型的特点一一对比，留其相似者逐步缩小范围，最后确定为某种类型的发作。例如一位病人家属说是全身抽搐，可是病人说自已先感到肚子不舒服有一股气向上冲到脑子就什么事都不知到了，再看他的脑电图虽然两侧大脑半球有广泛而同步的爆发，仔细测量他的爆发从某一局部开始虽然仅提前不到一秒。把这两点结合起来，病人的发作从一种特殊的症状开始，脑电图的异常也是从局部开始，所以对比分析的结果这个病人应该是部分性发作继发全身发作。
病人还做了其他检查如CT、MRI及血液检查等等，这些结果都不会影响癫痫的诊断，而是希望通过这些线索找出癫痫的病因。并非只要有异常都是癫痫的病因，例如MRI在枕部脑池扩大或发现有小囊肿，这种发现是不是癫痫的病因也需要认真的分析，这些异常的部位是不是应该出现病人症状的部位，如果答案是肯定的则这种异常可能是癫痫的病因，否则与癫痫无关。血液化验结果也应分析，如果一位病人血液猪囊虫血清试验阳性，并不一定病人发生癫痫的病因就是脑囊虫病，因为病人肠道寄生有猪绦虫血清学试验也会阳性。为了明确血清试验阳性与癫痫的真正关系，做脑脊液有关囊虫的试验是必需的。

　　最后根据诊断的结果，还要估计今后病人的预后如何，用什么治疗方案能取得最佳的疗效。同为癫痫发作，类型不同后果完全不同，如儿童失神发作，对小孩智力没有不良影响，治疗效果也好;反之不典型失神发作控制发作比较困难，对智能有不利的影响。不同发作类型用药也不完全相同。做出癫痫的诊断所用的时间也许仅仅几分钟，但是，医生付出了大量脑力去分析，去思考，这个推理过程是任何电脑代替不了的。